不仅仅是黄河，乾隆帝在关注黄河的过程中，还对淮河、运河的治理给予关注，淮河与黄河近邻，甚至还有交汇之处，治理黄河的同时，对淮河一并治理。尤其是大运河，南北贯通，是清朝南北漕运的大动脉。由于黄河决口，导致河水倒灌，大运河道受到严重影响。乾隆帝十分重视大运河的治理，他时常亲乘小船实地考察，使决策更加科学。
二是对海塘工程给予关注。乾隆帝南巡，目的地是浙江的苏杭，因而对浙江沿海一带的海患倍加关注，他六下江南中，曾经4次亲到海宁，踏勘海塘工程。
实际上，清代的浙江也是当时的富庶之区，尤其是浙江沿海，从金山至杭县数百里，渔业、盐业发达，人员稠密，商贾云集。可这一代往往受到海患的威胁，而且，钱塘江还会与海潮结成共患，海潮加上倒灌的钱塘江水，汹涌而来，对这里的人民构成极大威胁。
以往的治理，或存在治理方法的争议，长期不能决定，比如柴塘与石塘的争论；或存在工程资金上的争论，有的主张地方自筹，要富商捐助，以解燃眉之急；或存在治理范围上的争议，地方官各自为战，不顾大局，不能统筹兼顾。为此，乾隆帝亲赴现场，具体调研，决定柴塘与石塘相结合，再增加鱼鳞石塘的新办法，或交错使用，或互相兼顾，多措并举，终于使这里的海塘工程大功告成。大史学家孟森先生这样评论道：“持之二十余年不懈，竟于一朝亲告成功。”可谓切中肯綮的评论。