从1864年到1866年，捻军的战果是辉煌的，对清政府的打击是沉重的。可是尽管捻军取得了如此重大的胜利，但太平天国革命已经失败，全国的革命形势渐趋低潮。反动派也得以集中力量专门对付捻军了。在这种情形下，赖文光决定将捻军分成两支，以便互相呼应、互相声援。1866年秋天，捻军开始分为赖文光所领导的东捻和张宗禹所领导的西捻。但这样分兵的结果，却更加削弱了捻军的力量。
东捻军转战在山东、河南、湖北等地，计划从湖北入四川。东捻军曾经在湖北把李鸿章的淮军打得狼狈不堪，在山东又攻破清军与英法侵略军的联合防线。但是，由于他们东西奔驰，经常处在战斗中，力量不断削弱却又得不到支援与补充，终于在同治六年（1867）底在山东被击败。次年初，赖文光在江苏被俘就义。
西捻军于1866年进入陕西，计划联合西北回民起义军，然后在川陕间与东捻军会师。西捻军转战于陕西、山西一带，并曾长驱直入河北，引起清廷极大的震动。但是，自从东捻军被镇压后，镇压农民起义的李鸿章、左宗棠与英法侵略军联合攻击西捻军，西捻军在优势敌人的围攻下，屡战不利。最后于1868年8月在山东茌平抢渡运河时被击败，许多捻军将领都壮烈牺牲。