永乐十五年（公元1417年），规划了十一年之久的北京改造工程正式开工，当时群臣都一致认为北京会是极好的帝王之都，希望朱棣能够早日建完，这是一件于国于民都大有好处的事情。在大环境的推动下，最终仅仅耗时三年，永乐十八年（公元1420年）新的北京城正式竣工交付。朱棣在北京完工后进行了一次视察，十分满意，特别是北京皇宫在“高敞壮丽”方面完全超过南京皇宫，尽显帝王霸气，于是朱棣正式下诏明年迁都北京。
永乐十九年（公元1421年）正月初一，北京正式成为大明朝的京师，南京则降格为留都。至此，永乐帝的迁都工作正式宣告结束，大明朝也正式形成了“两京十三布政使司”（俗称“两京十三省”）的行政布局。永乐迁都前后历时十八年之久，在这期间朱棣始终密切关注着迁都的相关事宜，从整个迁都过程来说，一开始的时候北京是“行在”附都的形式存在，南京的地位比北京高。但是就算是以行在的形式存在，北京所具有的权力却是南京比不上的，皇帝多次驾临北京，并以此地作为桥头堡进攻蒙古，可见军事、政治权力都集中于北京，而南京则成了大后方。在迁都准备的十多年间，朱棣一直在想方设法提高北京的地位，想办法充实北京人口、提高富商数量。可见朱棣之所以会迁都北京绝不仅仅是因为礼部尚书李至刚的那封上书。应该说，朱棣做出迁都的决定是在综合各方面因素后，慎重考虑的结果，而这个考量是涉及多方面的。
